いつもありがとうございます。

飲食店の店舗での給与についてです。

店長が下記の条件で勤務しており、社労士の方に給与計算を委託しておりましたが
どうしてこのような計算になるか不明であり、聞いてもよくわからずこちらに質問することとなりました。

■労働条件
基本給　161500円
交通費　15000円　
店長手当　46000円
固定残業代（みなし４５時間分）　38000円

■所定労働について
実態はシフト制
毎月を１〜１５日　１６日〜末日　と分け、それぞれが始まる一週間ほど前までにはスタッフの希望等を確認してシフトを完成させています。

就業規則には
・シフト制とする（交代制）
・１年単位または１ヶ月単位の変形労働時間制を採用するとき休日はその他協定によるものとする
・１週間に２日以上の休日があるときは、その中の１日を法定休日とする
と記載されています

■労働時間と残業計算について
「みなし４５時間」「飲食店」「一般的に１ヶ月あたりは４.3週」
だから、「１ヶ月あたり２３５時間以内でシフトを組ませればいい」と言われました。

また、235時間ー４５時間（みなし残業）＝190H なので
４５時間を超えた分の残業代の計算は　算定基礎÷１９０H ＝時給単価　だから
これを基礎に　×１.２５する　と言われました。

質問としては、
１、労働時間と残業代の計算はあっていますでしょうか？
２、小さな店舗なので、人のやりくりを必至で行っているようです。
　　就業規則には１ヶ月の変形の記載はありますが、実際に協定は見たことがありません。
　　そうなると、どこかの曜日を起算日として一週間あたり４０時間をきちんとカウントして
　　残業代の計算をしなくてはいけないのではないでしょうか？

本社では、誰も労務に関して理解がなく「とにかく、会社が損しないようにやれ」としか言われません。また委託している社労士さんもおっしゃっていることがよくわからず、こちらにご相談しました。

よろしくお願いいたします。