出向により最近勤務管理と給与計算業務を担当することになった者です。いつも参考にさせていただいています。

わからないことがあり困っており、どなたかアドバイスをいただけますと幸いです。

弊社の就業時間は1日８時間、８：３０～１７：３０／昼休みは１２～１３時となっています。
フレックス制度はありません。

割増賃金の取扱は以下のとおりです。（徹夜勤務は割愛します）
①時間外勤務（所定労働時間８時間を超えて勤務させた場合または半日有給休暇後４時間を超えて勤務させた場合）
実働１時間につき所定時間割賃金の１３０％
②休日勤務（所定休日に勤務させた場合）
実働１時間につき所定時間割賃金の１４５％
③深夜勤務（ＰＭ10時よりＡＭ５時まで勤務させた場合）
実働１時間につき所定時間割賃金の３０％加算

今般、ある社員より以下の相談を受けました。
・住んでいる区域の自治体業務に参加しなくてはならず、午前休を取得している。
・しかし業務が繁忙期なこともあり、９：３０には出勤できるので出勤したいと考えている。
・この場合残業代の取り扱いはどうなるのか？

午前休を取っているのだから、働いても働かなくても時間外勤務にはならない としてよい？と思いつつ、９：３０～１２：００まで働く分の手当が支払われないのも違和感を感じています。

＜質問＞
（１）午前休を取得した社員が９：３０に出勤した場合、会社は２時間半分の手当を支給する義務がありますか？また、支給が必要な場合の割増賃金はなし/所定時間割賃金の１００％×２時間半で問題ないのでしょうか？

（２）別の就業規則内に「特に必要があるときは、１か月を平均し１週間の実働時間が法定時間を超えない範囲内において、就業時間及び休日を変更することがある」という記載があります。
→この条文を適用し、この日だけ９：３０～１８：３０まで勤務するシフト勤務にする対応を行うことは可能なのでしょうか？


聞ける人がおらず、初歩的な質問で申し訳ないのですが、どなたかアドバイスをいただけますと幸いです。